Pejabat Pembangunan Negeri (PPN) Johor telah ditubuhkan pada 14 Oktober 1969. Pada asal penubuhan dikenali sebagai Pejabat Kemajuan Negeri (PKN) di bawah Kementerian Pembangunan Negara dan Luar Bandar. Berdasarkan keputusan Kabinet pada tahun 1971, Pejabat Pembangunan Negeri diletakkan di bawah Unit Penyelarasan Pelaksanaan, Jabatan Perdana Menteri. Selaras dengan perubahan tersebut, fungsi dan peranan PPN telah berubah sebagai penyelaras, pengesan dan pelaksana program/projek pembangunan Jabatan Perdana Menteri, Kementerian Pembangunan Luar Bandar, Kementerian Perusahaan Awam dan Kementerian Perusahaan Utama di Negeri Johor. Seterusnya peranan Pejabat Pembangunan Negeri telah diperjelas dan diperkukuhkan melalui Arahan No. 1/1996 Jentera Penyelarasan Pelaksanaan Dasar Pembangunan Nasional dan Arahan No. 1/2001 Jentera Penyelarasan Pelaksanaan Dasar Wawasan Negara. Pejabat Pembangunan Negeri Johor pada mulanya telah ditempatkan di Kompleks Bangunan Sultan Ibrahim, Bukit Timbalan Johor Bahru dan kemudiannya berpindah ke Menara Ansar, Johor Bahru mulai 1 November 2000.